Skip to main content

Les conteneurs

Vous pouvez déployer vos applications via des conteneurs Apptainer (anciennement Singularity)

Construction de conteneurs​

Pour vous permettre de créer facilement des conteneurs pour l'architecture des CPUs ARM, la construction de conteneurs apptainer sur Turpan est possible à partir des frontales de connexion à l'aide de la commande apptainer build

Utilisation d'un conteneur Apptainer​

Pour être utilisables, les conteneurs doivent obligatoirement se trouver dans un sous-répertoire de /work/conteneurs. Vous devez contacter le support et demander la création d'un dossier pour votre compte s'il n'existe pas.

info

Merci de réserver le lancement de conteneurs sur la frontale de connexion à des tests uniquement (shell interactif, installations de paquets python, etc...)

Pour utiliser un conteneur depuis un script sbatch:

  • Pour exécuter un conteneur qui exécute un code spécifique :

    apptainer run /work/conteneurs/${PROJET}/${USER}/mon_conteneur.sif

  • Pour exécuter mon code à qui se trouve à l'intérieur du conteneur :

    apptainer exec --nv /work/conteneurs/${PROJET}/${USER}/mon_conteneur.sif python mon_script.py

Par défaut, seul votre espace HOME est accessible à l'intérieur du conteneur. Pour ajouter les espaces WORK et TMPDIR vous devez ajouter l'option suivante : 

--bind /tmpdir,/work

Téléchargement de conteneurs depuis un dépôt​

Vous pouvez utiliser des conteneurs mis à disposition par des éditeurs ou des projets de développement à l'aide de la commande apptainer pull

Par exemple :

  • Ajout du dépot Sylabs
    apptainer remote add --no-login SylabsCloud cloud.sycloud.io
    apptainer remote use SylabsCloud
  • Téléchargement d'un conteneur de test
    cd /work/conteneurs/${PROJET}/${USER}
    apptainer pull --arch arm64 library://library/default/lolcow:latest

Pour tester :

apptainer run /work/conteneurs/${PROJET}/${USER}/lolcow_latest.sif

Gestion du cache local​

Attention, des fichiers de cache parfois volumineux sont téléchargés localement dans votre espace $HOME lorsque vous utilisez la commande apptainer pull.

  • Pour lister le contenu du cache et l'espace utilisé : apptainer cache list
  • Pour vider le cache et libérer l'espace : apptainer cache clean

Pour aller plus loin​

La documentation officielle du logiciel Apptainer

info

Pour des raisons de sécurité, l'exécution de conteneurs en mode privilégié (setuid) n'est pas autorisée sur Turpan. Dans de rares cas, cela peut empêcher l'utilisation de certaines options d'Apptainer