Environnement logiciel
Modules d'environnement
Le système d'exploitation installé sur tous les nœuds est Rocky Linux 8.7.
Pour faciliter la gestion des environnements logiciels Zen utilise lmod, dont le fonctionnement est très proche d'environment-modules.
Pour se familiariser avec l'outil, vous pouvez consulter ce tutoriel.
Si un module d'environnement vous manque, envoyez un courriel à support@mesonet.fr (en spécifiant que votre demande concerne le cluster Zen).
Organisation hierarchique
Les modules d'environnement sont organisés de façon hierarchique.
La commande
module avail
montre les modules "core" disponibles sans dépendance. Ils peuvent être chargés directement.
ml av
----------------------------------------------------------------------------------- /bxfs/modules/core -----------------------------------------------------------------------------------
aocc/4.0.0 apptainer/1.2.4 gcc/13.2.0 go/1.21.1 miniconda3/23.5.2.py311 openjdk/21.0.1 pgi/19.10 (D)
aocc/4.1.0 (D) gaussian/g16.C.01 gnu-parallel/20230922 intel-oneapi/2023.2 nodejs/18.18.2 pgi/19.10.nollvm
Pour voir le module openmpi/4.1.6 qui dépend de gcc/13.2.0 il faut au préalable charger cette dépendance.
Après avoir chargé gcc la commande module avail montrera alors les modules qui en dépendent.
--------------------------------------------------------------------------- /bxfs/modules/compiler/gcc/13.2.0 ----------------------------------------------------------------------------
fftw/3.3.10 gmp/6.3.0 hdf5/1.14.2.mpi hdf5/1.14.2.seq hdf5/1.14.2.threadsafe (D) openblas/0.3.24 openmpi/4.1.6
module spider
La commande module spider affiche tous les modules disponibles. Par exemple, il y a la ligne
openmpi: openmpi/3.1.3, openmpi/4.1.5, openmpi/4.1.6
La tentative de charger directement un de ces modules donne une erreur. Pour savoir comment les charger:
module spider openmpi/4.1.6
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
openmpi: openmpi/4.1.6
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
You will need to load all module(s) on any one of the lines below before the "openmpi/4.1.6" module is available to load.
gcc/13.2.0
Help:
This module loads the OpenMPI-4.1.6 library build with gcc-13.2.0
Pour utiliser openmpi/4.1.6 il faut donc le charger ainsi
module load gcc/13.2.0
module load openmpi/4.1.6
Ou, en utilisant les raccourcis et le fait que les deux versions sont marqués "(D)efault", simplement
ml gcc openmpi