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Créer un conteneur

Le plus simple est de partir d’un des conteneurs disponible.

Les commandes pour créer l’environnement apptainer depuis l’image du conteneur nommés ici « X » ( où X peut être n'importe lequel des conteneurs disponibles):

cd /work/conteneurs/
apptainer build --sandbox mon_conteneur/ /work/conteneurs/sessions-interactives/x.sif

# Create necessary directory 
mkdir mon_conteneur/users  mon_conteneur/tmpdir mon_conteneur/work

Accéder au conteneur : deux cas à distinguer​

Il est important de prendre en compte les éléments suivants lors de l'accès à un conteneur :

  • Si vous souhaitez installer des paquets nécessitant un accès à Internet, vous devez lancer le conteneur depuis nœud frontal, c’est-à-dire à l’endroit où se trouve le répertoire contenant le conteneur.

    apptainer shell --fakeroot --writable mon_conteneur/

  • Si vous avez besoin d’effectuer des compilations ou des tâches lourdes en utilisant un nœud de calcul (par exemple via une soumission SLURM) pour accéder au conteneur.

    srun -p shared -n 1 --gres=gpu:1 --pty apptainer shell --fakeroot --writable  /work/conteneurs/calmip/ mon_conteneur/

Maintainant vous pouvez installer ou compiler tous les paquets nécessaires.

Accès aux fichiers locaux dans le conteneur​

Si vous avez besoin de fichiers de votre espace personnel et que vous souhaitez les utiliser dans le conteneur :

apptainer shell --fakeroot --writable --bind path/to/file/:/tmpdir  mon_conteneur/

Depuis l’intérieur du conteneur, copiez les fichiers depuis /tmpdir vers un autre répertoire tel que /work ou /users, afin de les rendre disponibles dans votre conteneur.

Utiliser des binaires installés sur Turpan​

Pour inclure un binaire déjà installé sur Turpan, commencez par identifier le module avec la commande module show name qui indiquera le chemin vers le binaire du module.

Ensuite, pour l’utiliser dans le conteneur.

apptainer shell --fakeroot --writable --bind path/to/binary/:/tmpdir  mon_conteneur/

Une fois le chemin monté (bindé) dans le conteneur, copiez le fichier depuis /tmpdir vers /usr/local/ à l’intérieur du conteneur.

Créer l'image​

Puis une fois les modifications faites, il faut construire l’image et éventuellement faire le ménage :

apptainer build mon_conteneur.sif mon_conteneur/
# A faire uniquement tout a la fin une fois que l'image est définitive pour libérer la place
apptainer cache clean
Note

Si vous avez construit un conteneur personnalisé, merci de nous communiquer son chemin ainsi que les paquets ajoutés, afin que nous puissions l’inclure dans la liste des conteneurs disponibles.

Le conteneur avec Jupyter Notebook​

Enfin, pour lancer le conteneur que vous avez créé avec un Jupyter Notebook, vous pouvez procéder comme suit :

runJupyterSession.sh --container custom --containerpath /work/conteneurs/calmip/mon_conteneur.sif